Pyzarさんも書いてるけど、
結局はその"外部のサーバー(マシンA)"であっても同じことが言えるでしょう。
因みにうちからは桜時計のデフォルトである2つのサーバーどちらに対しても繋がっているようです。
time-nw.nist.gov
time-A.timefreq.bldrdoc.gov
(検証のためNTPサーバーの動いてないマシンに設定したまま忘れてた。。。(笑))
あと考えられそうなことと言えば。。。
「交信開始...」まで行っているということなので、
"自分でhostsファイルに追加した"とかであったりしなければ、
外部(とはインタネ上)のDNSサーバーへの問い合わせとかは
できているってことになるんでしょう。
例えばポート123が閉じられていた場合、
応答破棄と拒否応答が選択できたりすることになると思いますが、
それによって桜時計にどう表示されるだろうか・・・
と思ったりもするとこ。
(応答破棄では"FD_READ−recfrom()"も出ないようでもありますが・・・
無限に待つように作ってあるのかな?
タイムアウトするかどうかはちょっとの時間しか待ってみてないけど(照))
また、リモート操作の対象としていたりするってことは
それなりにギチギチにしてるのかも知れないようにも思えたりするので
その辺りことも確認の余地はあったりするのかも?
尤もその"外部のサーバー(マシンA)"がポツンとインタネ上に浮かんでいるかのように
なっていなかったりもすると思うので、
自由に徘徊できるまでの経路の間に制限があったりしないかとかも絡む場合もあるのでしょうけどね。
(特定のプロバイダ(固定された経路)を経由していたりするなら少しは調べやすいだろうってとこで)
取り敢えず思いつくのはそれくらいでしょうか。。。
"外部のサーバー(マシンA)"内で他にもタイムサーバーとして動いているものがあれば・・・?
たぶん違う結果が得られたりするんだろうし、
「SNTPサーバーとして動作する」のチェックを外して試してみれば関係しない筈。