ネットワークセキュリティの問題になりますが、細かな分析やポリシーの確立が必要です。
特定のクライアントに、特定のサイトの閲覧しか許可しないといった場合にはプロキシは有効です。
また、プロキシは外部からの不正なアクセスを禁止するファイアウォールとしての役目も果たしますね（ただ、有能に働くかどうかは、設定次第という部分もあります）。
しかし、アクセス自体は自由に行わせ、有害なサイトに出会った時に被害を免れるようにするためには、ウイルスチェックソフトや、スパイウェア対策ソフトが必要です。
ウィルスに感染したファイルのダウンロードをブロックするのは、ウイルスチェックソフトの役目で、ダウンロード可能な状態である限りプロキシは役に立ちません。
JavaやActiveXプログラムをダウンロードしてしまったら、それを実行するのはクライアントですから、悪意のあるプログラムの場合、被害は免れません。
また、ウイルス感染はメールでのものが多いですから、やはりプリキシでは防げず、ウイルスチェックソフトが必要です。
さらに、セキュリティには、技術的なものより人為的なもの（悪意や無知）により、被害が起こる場合も多く、綿密な計画を行って当たらないと、大事な部分が抜けてしまったようなことになります。
セキュリティに莫大なお金をかけているNECや富士通といった情報産業の最大手や、防衛庁、銀行、学校での情報漏えいのニュースが後を立たないのは、明らかに人為的なものであり、問題を起こした人間の無知や自覚の無さは呆れるばかりです。
ウイルス対策ソフトは事実上必須と思います。金額が心配なら、これを検討しても良いかもしれません。
http://download.kingsoft.jp/無料のウイルスチェックソフトもあり、十分に役に立つのですが、いろいろ問題があります。
大きな問題ですので、心して取り組むことが必要と思います。