文章のみでの症状拝見致しましたが、恐らくヘッドの歪みと思います。
マニュアルに記載されている測り方では判断出来ない歪みです。
根本的にXL/XR系列の燃焼室は熱量アップに弱いです。
パワーよりも熱で簡単に歪みます。ハイオクガソリンを使用してますか？
また、特に社外鍛造ピストンを組んだ場合は、ハイカムでオーバーラップを
増やすことが必須で、面倒でも圧縮比の実測（オイル注入で測ります）
をして、XL/XR系は圧縮比9.5を超えたらハイオクで、11を超えたら
長期公道走行はまず不可能、出来てもクランクに負荷が掛かりすぎて大枚を
はたく羽目になります。
確実な解決策として、強化ボルトよりも350などの上位機種のヘッドに
交換し、ピストントップの面取り、切削などで圧縮を減らす方向にした方が
良いと思います。
高い圧縮でいいことはあまりないですよ〜。