>>何が鈍い感じで動くんですか？
>WindowTPを起動している時は、していないときに比べて、タスクト
>レイのアイコンが全部表示されるのが、起動していないときと比べ
>て極端に遅いのです。少し固まる感じ。
スタートボタンの文字列を変えたり、タスクバーを半透明にしたりしてます？
これらはタスクバーの動作に多少の負担をかけるかもしれません。
とはいっても、極端に遅くなるって経験はないですが．．．
他の常駐アプリ/PC性能などは影響してませんか？
参考までにタスクトレイに表示されるアイコンの数、PC性能など教えて頂けるとたすかります。
（教えて頂いたからといって解消するわけではありませんが）
不具合/許容範囲/その他原因が特定できないことには今後の
改善につながりませんので、よろしく御願いします。