>windowTPを常駐させた状態で、
>MediaPlayerClassicという動画再生ソフトを使用しウィンドウを移
>動させると、黒くなり、デスクトップに黒くなった部分が残ってし
>まう現象が起こります。特定のアプリケーションに影響しないよう
>には出来ないでしょうか？
MediaPlayerClassicに限ったことではなく、メディアプレヤー全般でそうなると思います。
多分、「ウインドウの移動時に半透明化する」がONになってるんだと思いますが、これをOFFにして下さい。
ちなみに、メディアプレーヤー系は半透明化できません。