>使えなくなってしまうのは仕様なのでしょうか？
仕様といえば仕様ですね。
RegisterHotKeyというAPIで処理しているのですが、その説明では以下のように書いてあります。
「ホットキーに割り当てようとしたキーストロークが、他のホットキーによって既に登録されている場合、
RegisterHotKey 関数は失敗します。」
なので、hLauncherがホットキーとして登録してしまうと、その組み合わせは使用できなくなるということです。
また、現状のhLauncherでは矢印キーでボタンの選択を移動できるようにしてますので、
ここら辺の話は、うまく住み分けてもらうしかないと思います。