>これってホイール系イベントも下位ウインドウへスルーしてるの
でしょうか？
そのようです。Ghost It!の場合は、ゴースト化したウインドウが
アクティブの場合は通常通りの動作をし、非アクティブの場合には
ホイール操作も含めて完全に下に投げているようです。
非アクティブになったウインドウもタスクバーやAlt+Tabで選択す
ればアクティブに出来るので、そうすれば操作可能です。
元に戻す場合、Ghost It!の場合はタスクバーからUn-Ghost Allを
選ぶか、Un-Ghostを選ぶと元に戻すウインドウを選ぶためにカーソ
ルが変わると言う仕様になっているようですが、WindowTPはタイト
ルバーでの操作が主ですので、トリガとなる動作だけキャッチし
て、その他は投げる、と言う動作だと使いやすいと思います。