早速の回答、ありがとうございます。=)
個人的な感じ方の違いはあると思いますので、実装に関しては作者様の判断でお願いいたします。
半透明化についてですが、最近ではアプリが自前でタブを実装していることが多いので、同種のウィンドウが多数開かれることは少なくなったと思っています。また実際の作業の中では、サムネイル化されたウィンドウの中身を見てそのウィンドウを識別するよりは、やはりアイコンを見て必要なウィンドウかどうかを判断することが多いです。もちろん見た目の良さもありますが、このアイコンの視認性を高めるためにサムネイル部の半透明化が有効ではないかと思いました。
タスクバーから消せる機能については、幸いThumbWinの異常終了には遭遇していないのですが、やはり安全性の問題もありますよね。
比較的利用頻度の高いウィンドウは裏に回すだけ（デスクトップ又はタスクバーからアクセスする）にしておき、それより頻度の落ちるウィンドウをサムネイル化しておく、といった使い方を想定しての考えです。PCの高性能化に頼った使い方とは思いますが・・・。もっと最前面モードを使い慣れてくれば、不必要になる機能かもしれません。
ちなみに個人的にですが、最前面モード時のキー設定の実装が、一番ありがたい点だったりします。まさに個人的な趣向の問題ですが、あまりカーソルキーに手を伸ばすことがないので・・・ご検討いただけるということで、大変感謝しております。
MINImizeの状況やLifehackedされたこともあり、今後も注目されるツールかと思います。無理なくメンテされることを期待しています。