> 簡単にですがチェックしましたが何も変わっていませんでした。
ステータスバーアイコンも表示されず、起動時にフォーカスもされないまま。ということですか？
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> フォーカスが外れているというのは最前面ではない状態のことです。
> > CatShanty2_.exeでの起動時は
> > 最大化のウィンドウでも通常のウィンドウでもアイコンは表示されました。
> > CatShanty2_.exeで起動するとフォーカスが外れた状態ですね。おま環？
とのことでしたが、
Rev.2386 の CatShanty2_.exe にて、一旦強制的に最大化するようにした処理は、今回の Rev.2388 には入れていません。
それ以前のリビジョンでは、アイコンは表示されないものの、フォーカスはされて起動していたわけですね？
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>提案ではないですが -rebuildmasterを指定しての起動では不具合が起きていません。
>このときに表示されるダイアログの非表示ではどうなるんでしょう。
これについては Rev.2378 で実験しました。
renさんが報告してくれています。
> > 作者様が"Readme.txt"に書かれていたとおり"-rebuildmaster" オプションを付けて起動した際も
> > アイコンは消えたままでした。
> >
> > アイコン番号の振り直しで解決したのではなく、ダイアログウィンドウ表示によるタイミングで
> > スプラッシュスクリーンやアイコンの描画が成功していただけなのかもしれません。
予想通り、邪魔なメッセージボックスのおかげでアイコンが表示されたとみて間違い無でしょう。
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>また、例えばデータベース>プロパティ>最適化を起動前に指定（ -databasefixのようなコマンドライン）したとして、それが済んでからCatchanty2が起動された場合はどうなるんでしょう。
釈迦に説法かもしれませんが、データベースの最適化とは SQLite3 の vacuum を実行するものですので、このスレの問題と切り離して良いと思います。
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解決策は難しそうですが、回避策としてあと考えられるのは…
＜アイコンが表示されない件＞
・起動後の数クロック後、ステータスバーアイコンを何回か書き換えてみる
（スクロールロックやスクリーンショットアイコンをクリックしたときのように、書き換え動作を起動後に再現処理する）
・やっぱり一旦強制最大化を行う
（アイコンが消えない環境ではうざったいのでコマンドラインオプションとかで行えるようにするとか）
＜フォーカスされない件＞
・原因が一旦最大化にあるなら、そのときだけ数クロック後に強制フォーカスで引き戻してみる
・どこかのリビジョンから発生したというのなら、、また考える