スレ主です。
１）まっさらな状態でCatShanty2を起動するとどうなりますか？
アイコンは表示されませんでした。
ノーマルモード、ビッグピクチャーモードの両方で、最大化したウィンドウで起動した場合はアイコンが表示されます。
ノーマルモード、ビッグピクチャーモードの両方で、通常のウィンドウで起動した場合はアイコンは表示されませんでした。
２）独自に追加したアイコンは幾つくらいありますか？
機種、19
メディア、43
ジャンル、6
拡張R指定、1
３）Nightly Builds を試してください
起動しなかったので足りないと言われたもの（sqlite3.dll、resource\pophelp.ini、CatShanty2_Lib.dll）を既存のフォルダからコピーし、最終的に起動を確認しましたがアイコンは表示されない。１）と同じ。
また、sqlite3.dllをwww.sqlite.orgから32bitのをダウンロードし、catshanty2のフォルダにコピーして起動しましたがアイコンは表示されない。
不具合が出ているのは、ウィンドウの状態で起動したときのアイコンの表示がされないことで、最大化したウィンドウの状態で起動したときはアイコンは表示されています。この差が何なのかはわかりせんが。
ランチャーとしての機能には影響は全くありません。
Windows 10 Home 1903 core i5 RAM 16G←一応