ども、作者です。
修正版アップしました。
以前は以下のような流れでした。
１）ZIP等アーカイブにCRC情報が含まれている場合それを採用
２）メモリ内解凍APIがアーカイブDLLにあればメモリ内で解凍してCRCを計算
３）APIがなければファイルを一時解凍してから計算
この２）で、DLLの種類によってはAPIがダミーだったり解凍コマンドが無視されたりする場合があることを今更知りまして・・・（汗
修正版では２）は試行せず３）の一時解凍へ進みます。
一応その場合はダイアログが出るので、以降一時解凍する、しない、このファイルのみスキップ、が選べます。
mrさんのアーカイブファイルで上手く行ったり行かなかったりというのは、
古い圧縮ソフト等によりCRC情報の含まれないアーカイブファイルだったのかもしれません。たぶん。。