ども、作者です。

>そうです、薄い濃いの色の変化だけがしなくなるという事です。
>機能は利いています。色だけがそのまま維持してます。

Nightly Builds に検証版アップしました。
ジョイスティックを無効にしていると、エミュ終了後にこのような不具合が発生していました。
mrさんがこの条件に当てはまるなら解消されるかも知れません。

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