早速のご回答ありがとうございます。
>ちなみに見ると判ると思いますが、インストールされたフォルダ直下のqueryフォルダ内をツリー表示しているだけです。
>なんならエクスプローラ等で削除してからCatShanty2を起動しても構いません。
この方法で直接queryフォルダー内のTXTファイルを削除で解決しました。
お騒がせして申し訳ありませんです。
>先にも書いた通り単なるファイラー部分なので、構成やソート情報を特別に管理してるわけではありません。
>フォルダやファイルの命名を ひと工夫して解決できませんでしょうか?
やはりそうですか。クエリ名の先頭に"01_"などで連番にする方法は考えていたのですが、見た目があまりすっきりしないのでどうにかならないかと思ったのですが・・・。
取り敢えずはそれで対応してみたいと思います。