ナベさん、はじめまして。
SEとユーザーとの対話・折衝というのは、確かに難しい面があります。
例えてみれば、建築で言うなら、大工さんと家主さんが折衝するようなもので、お互い、相手の立場が分からずに交渉していることになっているかもしれません。
建築なら、建築士というものが間に立って、お互いの話を翻訳するように反対側に伝えます。しかし、SEが必ずしもそんな能力があるかというと、そうではありません。
むしろ、一般のSEの、そのような能力の無さは絶望的です。
そのため、最近では、建築でいう建築士の役割を果たすITコーディネーターの役割が注目されてきてはいますが、これも問題があります。昨今のIT技術は複雑・高度なので、ITコーディネーターにそんな技術があるとは限りませんので（ほぼ無いと思います）、できることに限界があります。
私としては、SEとユーザーの、それぞれの担当業務の明確な割振りを含めた、優れたシステム構築のノウハウが必要と思います。これは開発フェーズごとに厳格かつ明解なものでないといけません。個人としてのSEに、高度な会話能力を求めても厳しいのではないかと思います。もちろん、その能力をせめて常識レベルまでは高めて欲しいSEは、大手開発ベンダーにも沢山いると思いますが（笑）。
SEが現場で困っていること・・・
沢山あるとは思いますが、果たして何が原因でそれが起こっているかというと、なかなか複雑ですね。確かに、対話能力不足というのも多いですし、経験不足、知識不足といった、SEに問題があるものも多いですが、ユーザー側の問題も実に沢山あります。このユーザー側の問題をどうコントロールしながらプロジェクトを成功させるかがSEの責務なのですが、これはもう「いつも冷静に」「根気強く」、そして「日々精進」なんてことになりかねません（笑）。
カウンセリングは必要かもしれませんね。仕事のストレスから精神的におかしくなったヴェテランSEを見たこともあります。まあ、この場合は、会社の体制や上司に問題があったと私は見ていますが。
もし、SE相手にセミナーを実施する場合は、現場業務をよく知る必要があると思います。
そして問題をSE業務独特の文脈で理解していないと役に立たないかもしれません。
あまりSEに対する汎用のセミナーが成功したという話は聞きませんが、実際はどうだか分かりませんね。
あまりお役に立つ回答ではありませんね^^;
私もまた対話能力不足ですので・・・