美奈さん、はじめまして。
小林さん、登場が遅れました。けいです(^^;
小林様が簡潔に完璧なお答えをしておられますが、おそらくは美奈さんのお仕事の規模にあったものとしては下記のような話も参考になるかもしれません。
小林様が書いておられる通り、上流工程を行う人にもいろいろいます。
そういうわけで、上流工程と言っても実はいろいろなレベルがあるのですが、美奈さんが言われる「システム仕様書」を書く人と限定しましょう。
プログラムを書ける人、書けない人、両方います。ただ、システムの規模がある程度大きくなると、たとえ書けても、自分はプログラミングに関わらないことが多いかもしれません。
また、現在、仕様書作成が主な業務になっている人には、昔、自分が使っていたプログラミング言語でのプログラミングは可能だが、最新のプログラミング言語、あるいは、プログラミング環境はさっぱりという人も多いと思います（もちろん、多少訓練すればそれもできるようになると思いますが、それをする必要性や重要性が低い場合が多いと思われます）。
で、プログラミングできなくても仕様書が書けるかということですが、上にも書きましたが、それを行っている人は沢山います。
ただ、一頃よく言われた「仕様設計とプログラミングは全く別のことだから、ＳＥがプログラムを書ける必要はない。むしろプログラミングを憶えない方が良い」という意見にはちょっと疑問があります。現在の多くのシステムでは、ＯＳやプログラミング言語を含めたシステム環境を考慮したシステム設計が必要と思うからです。
もし、美奈さんが上司の方が書かれた仕様書が根本的に問題が多いと思われるようであれば、もしかしたら上司の方も多少、使用するプログラミング言語の勉強をした方が良いかもしれません。
ただ、「枚数が多くて読みにくい」という批判に関しては微妙です。もちろん、懇切丁寧で読みやすい仕様書を書くのが理想なのですが、実際はそこまでやっている暇がないでしょうし、仕様書を受ける側も同じ社内でそんなことを期待すべきでもないでしょう。
小さい会社と思います。大きな会社でも同じですが、広い考え方や度量を持ってなるべく文句を言わず、お互いを思いやる気持ちを持たないと仕事も苦痛になってくると思います。
申し訳ありませんが、美奈さんの文章に上司の方への人間としての批判を感じたものですから(^^;